Las investigaciones desarrolladas por los estudiantes del Programa de Maestría en Recursos Hídricos estarán orientadas a resolver problemas reales y enmarcados en las Política de Estado sobre los Recursos Hídricos, dentro de las siguientes líneas de investigación:
- Hidrología e Hidráulica
- Riego y Drenaje
- Calidad del Agua
- Variabilidad y Cambio Climático en Recursos Hídricos
- Hidrogeología
- Cuencas Hidrográficas y Sistemas de Información Geográfica
- Gestión Integral de los Recursos Hídricos
- Transporte de Sedimentos
- Relación Agua, Suelo y Planta.